Известности на музыкальном поприще Джонстон начал добиваться, переехав в Остин, штат Техас (Austin, Texas). Он привлёк внимание местной прессы благодаря своей привычке раздавать кассеты каждому встречному. Его живые выступления публика охотно посещала и всегда ждала с предвосхищением.
Его локальная известность привела к тому, что в 1985 году Джонстон снялся в одном из эпизодов программы 'The Cutting Edge' на MTV, в которой рассказывалось об остиновской музыкальной сцене. Затем в том же году он принял участие в фестивале Вудшок (Woodshock) в Остине.
В 1988 году Джонстон поехал в Нью-Йорк (New York City), где записал альбом '1990'. Это был его первый опыт работы на профессиональной студии, все предыдущие десять лет он делал записи дома. После выхода альбома его психическое состояние стало резко ухудшаться.
Интерес к личности Джонстона возрос, когда Курт Кобейн (Kurt Cobain) появился на публике в футболке с изображением обложки альбома Джонстона 'Hi, How Are You', которую ему до этого подарил журналист. Несмотря на то, что Дэниел к этому времени уже был в психиатрической лечебнице, среди лейблов началась война за контракт. Джонстон отказался подписать многолетний контракт с 'Elektra Record ', потому что первой в списках лейбла была группа 'Metallica', а он был убеждён, что они находятся под властью Сатаны и непременно ему навредят. Также он порвал контракт со своим менеджером, потому что верил, что тот тоже одержим Сатаной. В конце концов, в феврале 1994 года он заключил контакт с 'Atlantic Records' и уже в сентябре выпустил альбом 'Fun', потерпевший коммерческий крах. В 1996 году лейбл разорвал контракт с Джонстоном.
В 1990 году Джонстон выступал на музыкальном фестивале в Остине. Назад в Западную Вирджинию он возвращался в маленьком двухместном самолёте, которым управлял отец музыканта, Билл (Bill). По дороге у Джонстона случился приступ. Джонстон решил, что он – привидение Каспер, вытащил ключ зажигания и выбросил его за борт самолёта. Несмотря на то, что внизу были одни лишь деревья, отец , пилот ВВС США, смог совершить аварийную посадку. Самолёт восстановлению не подлежал, но Дэниел и его отец почти не пострадали. В результате этого случая было решено снова отправить Джонстона в психиатрическую лечебницу.
Последний альбом Джонстона, 'Is and Always Was', вышел 6 октября 2009 года.
Картины художника Джонстона выставляются в различных галереях. В 2006 году его работы были выставлены в Галерее акварели в Лондоне (Aquariym Gallery, London) и нью-йоркской галерее Clementine Gallery, в 2008 – на 'Liverpool Biennial'.
В 1993 году владельцы магазина 'Sound Exchange' в Остине попросили Джонстона нарисовать нас стене заведения фреску с лягушкой, изображённой на обложке альбома 'Hello, How Are You?'. Лягушка также известна под именем 'Иеремия Невинный' ('Jeremiah the Innocent'). К тому времени эт изображение стало широко известно благодаря фотографии Курта Кобейна в футболке с этим рисунком. Магазин позже был закрыт, помещение оставалось незанятым вплоть до 2004 года, когда там открылась мексиканская закусочная 'Baja Fresh'. Стену с фреской хотели снести, но люди, живущие по соседству, уговорили менеджеров её оставить. Весной 2008 года в продажу поступила коллекционная статуэтка с изображением Иеремии – ограниченными партиями и в разных цветовых вариантах.
13 марта 2012 года Джонстон выпустил свой первый сборник комиксов под названием 'Space Ducks – An Infinite Comic Book of Musical Greatness'.
Также Джонстон сотрудничал со студиями 'Dr. Fun Fun' и 'Smashing Studios' во время разработки игры для IPhone 'Hi, How Are You'. Игра очень похожа на 'Frogger', но включает в себя рисунки и музыку Джонстона