Джонни Месснер родился в Нью-Йорке. Закончил школу в Сан-Диего. Жил в Европе в течение 13 лет, в то время как его отец служил в американских Воздушных Силах.
Его образ в фильме «Слёзы солнца» послужил прообразом для персонажа Томаса «Сева» Севченко в компьютерной игре «Killzone 2».
С 2010 года Месснер состоит в фактическом браке с акрисой Кэтрин Моррис (род.1969). У пары есть сыновья-близнецы — Джеймсон Уэст Месснер и Рокко МакКуинн Месснер (род. 21.08.2013).