На протяжении 1992 и 1993 года у Мастерковой было несколько небольших успехов, например, серебро на зимнем чемпионате мира 1993 года, однако большую часть этих двух сезонов она была вынуждена пропустить из-за травм. На Олимпийские игры 1992 года в Барселоне она не попала. На два следующих сезона Мастеркова прервала свою спортивную карьеру. В 1994 году она вышла замуж за известного велогонщика Асята Саитова и переехала в Испанию, где он тогда выступал. 1994 и 1995 год она посвятила семейной жизни, рождению и воспитанию дочери Анастасии, а также залечиванию травм.
В 1996 году Светлана вернулась в большой спорт. Возвращение получилось триумфальным — Мастеркова решила соревноваться как на дистанции 800 метров, так и на полутора километрах, и выиграла чемпионат России на обеих дистанциях, получив право стартовать на них на Олимпийских играх в Атланте 1996 года.
На олимпийской 800-метровке главными фаворитками были знаменитые спортсменки Мария Мутола из Мозамбика и кубинка Ана Фиделия Кирот, однако Мастеркова с первых метров возглавила финальный забег и лидировала до самого финиша, оставив именитых соперниц позади. Ещё более сенсационной стала её победа на «непривычной» 1500 метровой дистанции, принесшая Светлане статус двукратной олимпийской чемпионки. В том же 1996 году Мастеркова установила два мировых рекорда на неолимпийских дистанциях: 1000 метров и забеге на милю (до сих пор не побитый). По итогам 1996 года она была названа лучшей спортсменкой года в России.
В следующем году на чемпионате мира в Афинах Мастеркова вновь заявилась на две дистанции, однако дали о себе знать старые травмы — в полуфинальном забеге на 1500 метров она вынуждена была сойти из-за болей в ахилловом сухожилии.
Однако затем спортсменка снова сумела выйти
на пик формы, в 1998 году она победила на чемпионате Европы в Будапеште на полутора километрах, а на мировом первенстве 1999 года в Севилье завоевала две медали — золото на 1500 и бронзу на 800 метрах.
Это были последние крупные успехи Светланы, она участвовала в сиднейской Олимпиаде 2000 года, но после квалификационных забегов снялась из-за травмы. В 2003 году она объявила о завершении спортивной карьеры.
Светлана Мастеркова — заслуженный мастер спорта России, награждена орденом «За заслуги перед Отечеством» III степени, владеет английским и испанским языками.
С 2003 года работает спортивным телекомментатором в компании НТВ+. Принимает участие в различных телевизионных шоу.